2001年以來，環(huán)保所榮獲國家、省部、院等各級獎勵近百項，其中國家級獎勵2項、省部級獎勵49項、院級獎勵47項?！扒嗖罔F路工程”項目獲得“國家科學(xué)技術(shù)獎”特等獎，“跨臨界CO2熱泵的并行復(fù)合循環(huán)關(guān)鍵技術(shù)及其應(yīng)用”項目獲得“國家科學(xué)技術(shù)獎”二等獎，“高海拔低氧自然環(huán)境鐵路運營衛(wèi)生關(guān)鍵技術(shù)及應(yīng)用”項目獲得“中國鐵道學(xué)會科學(xué)技術(shù)獎”特等獎，“鐵路站車?yán)鴼饬斔拖到y(tǒng)的研制與應(yīng)用”“高鐵新型金屬聲屏障技術(shù)”“青藏鐵路生態(tài)恢復(fù)與環(huán)境保護(hù)技術(shù)應(yīng)用”“青藏鐵路建設(shè)衛(wèi)生保障綜合技術(shù)”等項目獲得“中國鐵道學(xué)會科學(xué)技術(shù)獎”一等獎，“我國鐵路環(huán)境噪聲影響、防治措施及管理對策研究”項目獲得“環(huán)保部環(huán)境保護(hù)科學(xué)技術(shù)獎”二等獎，“供暖用二氧化碳空氣源熱泵的研發(fā)及應(yīng)用”等項目獲得“北京市科學(xué)技術(shù)獎”三等獎；另有多項生態(tài)環(huán)境保護(hù)、職業(yè)健康衛(wèi)生、能源節(jié)約利用項目獲得“中國鐵道學(xué)會”、“中國鐵道科學(xué)研究院”的科技獎勵。